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材料甲：我国目前临床使用的乙肝疫苗大多为基因工程疫苗，其有效成分是一种叫做乙肝表面抗原的蛋白质（S蛋白，对应的基因为S基因）。
材料乙：T4溶菌酶在温度较高时易失去活性，科学家对编码T4溶菌酶的基因进行改造，使其表达的T4溶菌酶的第3位的异亮氨酸变为半胱氨酸，在该半胱氨酸与第97为的半胱氨酸之间形成了一个二硫键，提高了T4溶菌酶的耐热性。
材料丙：兔甲和兔乙是同一物种的两个雌性个体，科学家将兔甲受精卵发育成的胚胎移植到兔乙的体内，成功产出兔甲的后代，证实了同一物种的胚胎可在不同个体的体内发育。
材料丁：研究性学习小组参观某市市郊建立的以沼气为中心，以保护生态环境为目标的“猪-沼-鱼-肥-果蔬”生态模式时绘出了如下模式图，请分析回答：
回答下列问题：
（1）材料甲属于基因工程的范畴。其中用___________处理S基因和运载体，并用DNA连接酶使之结合，这里的DNA片段两两结合的产物有___________种。
（2）材料乙属于_______________工程范畴。该工程是指以分子生物学相关理论为基础，通过基因修饰或基因合成，对___________进行改造，或制造一种新的蛋白质的技术。在该实例中，引起T4溶菌酶空间结构改变的原因是组成该酶肽链的_____________序列发生了改变。
（3）材料丙属于胚胎工程的范畴。胚胎移植是指将获得的早期胚胎移植到同种的、_________相同的另一个雌性动物体内，使之继续发育成新个体的技术。胚胎移植之前，要对胚胎进行分割，应选择_____________期的进行分割。
（4）材料丁中，该生态系统最大的优点是_______________。该生态系统把很多单个生产系统通过优化组合有机地整合在一起，这体现了_____________原理。该生态系统的“基石”是______。沼气池中有产甲烷菌和不产甲烷菌等微生物，其生态学作用主要是_________________。